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암세포와 정상세포 간의 유전체의 차이

전문가 제언: 암세포와 정상세포 간의 유전체의 차이

한국과학기술정보연구원
전문연구위원 강빈구
(bgkang36@reseat.re.kr)

최근 발행된 Nature에서 Lawrence et al.(2013)은 암과 관련된 유전자들을 찾을 수 있는 가능성은 염색체의 여러 다른 부위 사이에서, 또 여러 다른 암의 타입 사이에서, 표면에 나타나지 않은 돌연변이 빈도를 고려함으로서 향상될 수 있다는 것을 밝혔다.

암의 원인이라고 생각되는 유전자들을 찾는 서열 연구는 일반적으로 다음과 같은 공통된 전략을 사용한다. 암과 이에 해당하는 정상조직의 샘플을 서열 분석하여 체세포돌연변이를 찾아내고, 이를 다시 우연이라고 생각되는 것보다 높은 비율로 나타나는 돌연변이 유전자들을 찾는다. 그러나 암과 연관 된 유전자들은 언제나 false-positive 유전자들과 섞여 있다. 이를 위해서는 샘플의 수가 많아야 한다. 초기의 연구는 샘플 크기가 작았으나 The Cancer Genome Atlas Pan-Cancer 프로젝트가 이 문제를 경감하고 있다.

어떤 주어진 유전체 부위의 예상되는 돌연변이 비율을 알게 되면 보통 사용하는 분석방법으로 얻은 false positive의 수를 줄일 수 있다. 예상되는 돌연변이 비율을 미리 아는 것은 암 유전체 데이터를 분석하는데 결정적으로 중요한 일이다. 왜냐하면 순전히 우연으로 일어났다고 기대되는 비율 보다 더 많이 일어난 돌연변이 서열을 검출하는 근거를 제공해 주는 토대를 마련하기 때문이다.

Lawrence et al.은 돌연변이 발생률에 영향을 주어 돌연변이가 암과 관련 되었다고 잘 못 분류되는 3가지 점을 강조하였다. 첫째는 어떤 타입의 암에서 환자들 간에 일어나는 가변(variable) 돌연변이 빈도, 둘째는 각각의 타입의 암에서 일어나는 다양한 돌연변이 범위 및 이들을 환경인자나 바이러스 신호에 연결시키려는 시도, 셋째는 국부 이질성 또는 다양한 유전자 발현 수준과 복재 타이밍으로 인해서 유전체의 여러 다른 부위에서 일어나는 다양

저자: Ding, L, Wedl, M, C,
자료유형: 연구단신