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생명정보의 망라적 계측과 바이오 데이터마이닝

전문가 제언: ○ 컴퓨터 과학의 기술을 응용하여 생물학의 문제를 풀려고 하는 생물정보과학(bioinformatics)은 수치화된 생명정보를 취급한다. 최근 들어 기술혁신에 따라 유전자나 단백질 등의 분자 발현량을 망라적으로 측정할 수 있게 되었다. 그러나 이러한 정보를 3차원적인 영상정보로서 수치화하여 표현하는 것은 곤란하였다. 그래서 3차원의 서로 다른 방향으로 절단한 부분의 측정 결과를 토모그래피(Tomography)를 이용하여 영상정보와 함께 가상공간에 재구성한다.

○ 생물의 설계도에 해당하는 전체 유전정보(게놈 DNA)의 해독이 진행되어 사람이나 생쥐 등 1개의 세포 안에 약 수만 종류의 단백질을 코드하는 유전자나 생명활동에 중요한 역할을 담당하는 RNA 분자가 존재하고 있는 것이 알려졌다. 게놈 DNA의 일부를 주형으로 하여 RNA가 합성되는 것을 전사(Transcription)라고 부른다.

○ 일본의 생명정보연구센터(CIB: Center for Information Biology)는 Shizuoka 현 Mishima 시에 있는 국립유전학연구소 부설로 1995년에 설립되었으며, 국제염기배열 데이터베이스의 하나인 일본 DNA 데이터뱅크를 운영하고 있다. 여기서는 다양한 생명현상과 생물을 다각적인 관점에서 분류하는 방법을 연구 개발하여 생물다양성(Biodiversity)의 본질에 다가서는 것을 목표로 연구를 진행 중에 있다.

○ 우리나라의 이화학연구소(RIKEN)는 망라적으로 측정한 유전자 발현정보를 3차원 공간에 재구성하는 새로운 방법인 “Transcriptome Tomography"를 개발하여 생체 내의 어느 부분에서 어떤 유전자가 얼마나 발현하고 있는지를 웹 상의 가상공간에서 표현하는 것에 성공하였다. 이 수법으로 작성한 생쥐의 뇌 유전자 발현 데이터베이스(ViBrism-DB)를 2012년 9월 20일에 웹 상에 공개하였다.

저자: Yutaka Fukuoka
자료유형: 학술정보