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단백질 통로 및 터널의 확인, 가시화, 및 분석을 위한 소프트웨어

전문가 제언: ○ 단백질의 모양은 여러 틈, 포켓, 돌출부, 통로 및 동공 등을 가지고 있는 복잡한 형태이다. 단백질의 오목한 면은 리간드 혹은 효소촉매 등이 결합하는 독특한 마이크로 환경을 제공한다. 단백질 모양은 의화학자들에게는 신약개발에 있어 저해제를 알아보는데 흥미로운 존재이며, 효소학자들에게는 “열쇄와 자물쇠” 기전에 입각한 기질분자를 확인하는데, 단백질학자에는 단백질-단백질 혹은 단백질-DNA 상호작용을 연구하는데 중요하다.

○ 따라서 단백질 분자의 분석과 가시화는 이의 복잡한 구조와 화학적 원리를 이해하는데 큰 도움이 된다. 분자 내 터널과 통로내의 특정한 경로들 탐색에 근거하여 단백질 구조를 분석하는 문제가 생화학자들에 의하여 정의되었다. 그러나 자동화되고 더 효율적인 분석과 가시화의 필요성이 대두되고 있으며 실제로 최근의 연구로 본 논문에서 명시한 많은 소프트웨어들이 개발되어 빠른 확인, 가시화 및 단백질 터널과 통로의 분석 및 설계에 이용되고 있다.

○ 생물학에서 가시화 할 수 있는 데이터를 수집하고 분석하여 결과를 다른 사람과 통신할 수 있는 방법이 필요하다. 가시화 방법들은 20세기 전 손으로 그린 그림방법에서 현재는 완전히 컴퓨터에 근거한 가시화 도구를 사용하고 있다. 그러나 현재의 컴퓨터-생성 계통발생 그림이나 종전 손으로 그린 진화계보가 거의 차이가 없다는 것을 볼 때 좀 더 명확하게 정보를 제공할 수 있는 새로운 가시화 방법의 개발이 필하다고 하겠다.

○ 우리나라 연구진들도 본문에서 명시한 단백질 터널 및 통로연구의 소프트웨어를 사용하고 있으리라 믿는다. 특히 신약개발 연구진들이 저해제들을 개발할 때 필요하다고 믿는다. 단백질 연구는 인체 생물분야연구에 필수적이어서 다 분야의 노력과 협조가 필요하다. 모든 해결 곤란한 상황들을 컴퓨터의 기하학적 해석으로 풀기위하여 컴퓨터 그래픽에 잘 알려진 알고리듬을 이용하여 해결할 수 있을 것이다.

저자: Jan Brezovsky et al.
자료유형: 학술정보