차세대 염기서열 결정에 의한 전사체 분석

전문가 제언

○ 최근의 생물학,생명공학 그리고 약학연구는 세포상태,생리 그리고 활동을 조사하기 위해서 빠른 제놈과 전사체 분석기술을 요구하고 있다.미세배열기술과 RNA-Seq이 최고수준의 기술이지만 미세배열기술이 RNA의 양,전사물수준과 염기서열정보의 정량 때문에 제약을 받는다.그러나 RNA-Seq는 현대의 생물학적 분석에서 거의 무한대의 가능성을 제공하고 있다.

○ Pyrosequencing에서 surface-based 시스템이 적용되었는데 이 시스템도 모든 단일 뉴클레오타이드 결합단계를 알아내는 원칙을 따르지만 효소에 의해 유도되는 섬광기술은 더 이상 필요로하지 않는다.

○ 454 염기서열분석기는 10시간내에 5억개의 염기서열을 결정할 수 있다.읽을 수 있는 길이는 사용된 pyrosequencing chemistry에 의해 제한되기 때문에 Sanger의 600개보다 짧은 250개이다.뉴클레오타이드의 합성이 동시에 이루어지지 않는 것이 주된 제한요소이지만 나란히 40만번의 반응이 가능한 빠른 기술이며 거의 1000여편의 논문에서 쓰여진 가장 세계적인 차세대염기서열결정방법이다.

○ Quiagen에서 개발한 중간성능의 PyroMark ID는 작은 실험실규모에 적합한 방법이다.동시에 96개 시료를 분석할수있으며 관행적 방법과 비교해 읽는 길이는 40뉴클레오타이드로 짧다.따라서 이 기종은 SNP나 돌연변이분석 또는 RNA염기서열결정에 유용하게 쓰여질 수 있다.

○ NGS기술은 전제놈규모로 후생적 변화를 측정하기위해 쓰이는데 DNA메틸화,염색사구조변이,그리고 번역후 히스톤단백질의 변형이 제놈조절,발병증세 그리고 종양형성유전자 발현을 포함하는 세포내 과정에서 필수적인 역할을 한다.따라서 대용량염기서열결정기술을 이용해서 전제놈규모로 후생적 변형을 목록화하는 것이 바람직하다.

○ 생태학 및 환경연구에서 NGS기술의 주된 적용분야가 바로 메타제놈 연구다.미생물의 다양성은 물,토양,퇴적물그리고 소화관(gut)의 내용물을 포함하는 환경 및 임상샘플은 분석하여 모니터링할 수 있다.

저자

Kai-Oliver Mutz et al

자료유형

학술정보

원문언어

영어

기업산업분류

바이오

연도

2013

권(호)

24

잡지명

Current Opinion in Biotechnology

과학기술
표준분류

바이오

페이지

22~30

분석자

김*일

분석물

• 차세대 염기서열 결정에 의한 전사체 분석.pdf [295,181 byte]

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