Multiplex법에 의한 Bacterial Genome의 de novo DNA배열해독

전문가 제언

○ 차세대 DNA Sequencer(NGS)의 기술개발로 인하여 한 가지 종류의 Genome DNA해석당 600Gb 이상이라는 막대한 초대량의 DNA배열을 얻을 수 있게 되었다.

○ Genome DNA해독에 있어 해독의 길이는 짧고 Data량이 많은 Short read의 NGS(Next Generation Sequencer)가 등장하였으며, 현재로서는 50~150bp의 배열이 30억 read가 된다. 그러나 짧은 DNA배열밖에 얻어지지 않았기 때문에 de novo DNA배열에서는 Pyro-sequencing법을 이용하게 되었다.

○ 최근에는 Pyro-sequencing법으로 대략적으로 해독을 하고 틈새(Gap)영역을 Sanger법과 Short read의 NGS를 조합시킨 정도가 높은 Genome해독법이나 적용범위를 더욱 늘려서 Short read의 NGS만으로 해독하는 방법이 보고되고 있다.

○ 특히, Data량이 많은 Short read의 NGS에서의 Multiplex법을 사용함으로써 복수의 Bacterial Genome의 DNA배열 해독이 가능하게 된 결과 반복(Repeat)배열 이외의 영역에서도 거의 모든 해독이 가능하다는 것이 확인되고 있다.

○ 따라서 얼마 전까지만 해도 흔히 우리나라에서 사용되고 있는 차세대 염기 배열 분석 장비인 Solexa Sequencing은 각각의 Read length가 35bp 정도밖에 되지 않음으로써 800~1000bp 정도의 sanger sequencing이나 200bp 정도를 읽을 수 있는 Pyro-sequencing과는 달라 de novo assembly를 수행하기 어려우므로 de novo assembly를 수행하려면 Multiplex법에 의한 Bacterial Genome해독법을 위해서는 Short read의 NGS(Next Generation Sequencer)가 필요할 것으로 생각된다.

저자

Taksshi Sasaki

자료유형

학술정보

원문언어

일어

기업산업분류

바이오

연도

2011

권(호)

30(8)

잡지명

細胞工學

과학기술
표준분류

바이오

페이지

796~800

분석자

최*윤

분석물

• Multiplex법에 의한 Bacterial Genome의 de novo DNA배열해독.pdf [244,465 byte]

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