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short ORF에 코드되는 단쇄펩티드의 기능

전문가 제언: ○ short ORF만을 코드하는 RNA가 여러 생물의 수많은 세포타입에서 뚜렷한 다양성을 보이고 있어 최근 많은 주목을 받고 있다. RNA에는 단백질로 번역되지 않는 tRNA, rRNA, spliceosome의 small nucear RNA 등이 있다. 예를 들어 E. coli의 경우 23S rRNA에 있는 pentapeptide를 코드하는 short ORF가 이 균으로 하여금 특정한 항생제에 저항성을 갖도록 한다는 것이 발견되었다.

○ 진핵생물에서는 몇 가지 short ORF-RNA들이 특정한 발달단계에서 유도되는데 이들은 여러 가지 분화과정에 관여하는 것으로 추정된다. 새로운 non coding RNA와 short ORF가 함유된 RNA의 동정을 통한 효모게놈의 분석에 의해 진핵세포도 몇 가지 세포발달과정의 조절을 위해 short ORF-RNA를 이용하고 있는 것으로 추정되고 있다.

○ 100코돈 주변에 있는 중간영역에는 1~99코돈으로 된 ORF가 존재하는데 이 중에는 생물학적으로 무의미할 가능성이 매우 높은 ORF가 존재하며 이들 short ORF 수가 적어 간과하기 쉬우나 여기에는 흥미로운 유전자들이 일부 포함되어 있다. 비록 컴퓨터에 의한 annotation이 많이 이루어져 있긴 하지만 관심 있는 short ORF는 우연히 생성되는 수많은 무의미한 short ORF의 pile 속에 들어 있어 발견하기가 매우 어렵다.

○ 현재 non coding RNA의 데이터베이스는 세균, 고세균, 진균류의 99종에서 3만 개 이상의 서열을 담고 있다. 또한 FANTOM이나 ENODE 등 마우스나 인간에 대한 프로그램도 계속 개발되고 있다. 그러나 이 정도의 데이터베이스로는 관심 있는 새로운 기능을 가진 short ORF의 발견이 어렵다. 그러므로 보다 광범한 non coding RNA의 동정을 위해 단백질을 코드하지 않는, 보다 새로운 전사의 서열을 풍부하게 동정하여 효율성 있는 데이터베이스를 구축하는 것이 필요하다.

저자: Takefumi Kondo, Yuji Kageyama
자료유형: 학술정보