게놈데이터 분석을 위한 Bioconductor

전문가 제언

○ 1980년대 후반부터 미국을 비롯한 선진각국은 바이오관련 데이터베이스를 구축하고 게놈데이터의 분석을 위한 다양한 소프트웨어를 개발하고 있다.

○ 게놈데이터는 방대한 양으로 인간게놈의 경우에도 염기서열만 밝혀졌을 뿐 아직도 단백질구조의 규명 등이 과제로써, 바이오데이터를 데이터베이스화하여 이를 해석하고 가공 판매하는 바이오인포매틱스(Bio informatics) 산업이 확대되고 있다.

○ 바이오인포매틱스에서 핵심은 게놈데이터의 해석소프트웨어로서, 이는 분자생물학적인 실험비용을 크게 절감시켜 주고 분석기간을 단축함으로써 신약개발 등에 필수적으로 많은 개발연구가 이루어지고 있다.

○ 이 가운데 마이크로 어레이 데이터의 처리, 보수, 관리를 위한 웹 기반의 소프트웨어로써, 하버드대학의 Argus, Lund대학의 BASE(BioArray Software Environment)를 비롯하여 PARTISANarrayLIMS, ArrayDB, GeneDirector, GeneTraffic 등 상용 소프트웨어도 많이 출현되고 있다.

○ 이 글은 Hutchinson 암 연구센터에서 개발한 게놈해석용 패키지 프로그램인 바이오컨덕터의 운용을 위한 해설로 오픈소스의 프로그램인 점이 주목된다.

○ 그동안 국내에서는 외국 프로그램을 사용해 왔으나 기술적 지원의 한계도 있어서 ArrayMall 등 국산 프로그램을 개발하는 등의 성과도 있었으나, 해석용 소프트웨어는 외부 데이터베이스와의 연결 관계나 이미지데이터 분석시스템과의 통합관계 등 편리성과 연결운용이 관심의 초점이 될 것으로 본다.

○ 따라서 바이오컨덕터의 소스가 공개되어 여기에 다양한 수요자의 코드재이용 등이 이루어진다면 수요자기반의 공통된 범용 툴로서 효율성이 높아질 것으로 기대된다.

저자

Itoshi Nikaido

자료유형

학술정보

원문언어

일어

기업산업분류

정밀기계

연도

2007

권(호)

22(1)

잡지명

人工知能？？誌　

과학기술
표준분류

정밀기계

페이지

104~113

분석자

차*기

분석물

• 게놈데이터 분석을 위한 Bioconductor.pdf [226,032 byte]

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